ในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร เมื่อวันที่ 2 เมษายน พ.ศ. 2549 พรรคส่งผู้สมัครในระบบบัญชีรายชื่อจำนวน 5 คน ได้คะแนน 305,015 คะแนน ไม่ได้รับเลือก และส่งผู้สมัครแบบแบ่งเขต ได้รับเลือกจำนวน 3 คนในการลงคะแนนรอบที่ 2 วันที่ 23 เมษายน 2549 ที่จังหวัดกระบี่ เขต 1 และเขต 3 และจังหวัดตรัง เขต 2 [3] โดยเป็นพื้นที่ในเขตฐานเสียงของพรรคประชาธิปัตย์ ซึ่งผู้มีสิทธิ์ส่วนใหญ่ลงคะแนนเสียงให้ เพื่อไม่ให้ผู้สมัครจากพรรคไทยรักไทยได้รับเลือก และคะแนนเสียงที่ได้ น้อยกว่าคะแนนเลือกที่จะไม่เลือก (No Vote)

ในการลงคะแนนเสียงเลือกตั้ง รอบที่ 2 เมื่อวันที่ 23 เมษายน ปีเดียวกัน ผู้สมัครในนามพรรคพลังประชาชน ที่จังหวัดสงขลา เขต 2 ถูกกรรมการการเลือกตั้งตัดสิทธิ์ เนื่องจากเป็นผู้สมัครระบบบัญชีรายชื่อ เวียนเทียนมาสมัครใหม่ในระบบแบ่งเขต[4]